木瓜树需要施加营养均衡的肥料,比较好用的肥料有绿祚生物菌种液木瓜专用,将其浇在土壤中,其微生物种群会进行协作,抑制土壤中病原微生物生长,还可改良土壤结构,显著增强它的抗病、抗旱和抗寒能力,花期施加磷钾肥,减少氮肥的施加,可促进开花。
在木瓜施肥上,可以将土壤施肥与叶面施肥相结合,不能使用生肥或者是浓肥,而且在雨季的时候,可以不施肥,以免在造成养分的流失。